Иван Семёнович Магденко выпускник Артиллерийского и Инженерного Шляхетского кадетского корпуса 1791 года выпуска. Участник Руско-турецкой и Наполеоновских войн.
Майор Магденко во время Русско-турецкой войны, в начале мая 1810 года за устройство переправы при Туртукае через Дунай награждён 27 июня 1810 года орденом Св. Анны 2-й степени с алмазами.
Подполковник Понтонной роты №7, 6-й Артиллерийской бригады.
12 декабря 1817 года был удостоин ордена Святого Георгия 4-го класса.
В 1817 году в чине полковника.