Яков Фёдорович Скарятин 2-й вступил в службу 25 августа 1783 года подпрапорщиком в Лейб-гвардии Измайловский полк.
18 сентября 1783 года произведён в сержанты,
6  января  1787 года - в портупей-прапорщики,
16 апреля  1787 года - в чин прапорщика,
18 августа 1797 года - в чин подпоручика,
13 августа 1799 года - в чин поручика,
15 октября 1800 года - в чин штабс-капитана,
4 сентября 1803 года - в чин капитана,
11 декабря 1803 года - в чин полковника.
    В 1805 году участвовал в сражении при Аустерлице.
    Среди заговорщиков, причастных к гибели Императора Павла I, современники особо выделяли измайловского офицера Скарятина. По свидетельству М.А. Фонвизина, "князь Яшвиль, Татаринов, Гарданов и Скарятин яростно бросились" на царя, "вырвали из его рук шпагу; началась с ним отчаянная борьба. Павел был крепок и силён; его повалили на пол, били, топтали ногами, шпажным эфесом проломили ему голову и, наконец, задавили шарфом Скарятина". Граф Ланжерон уточняет, что Скарятин, сняв висевший над кроватью собственный шарф императора, задушил его им" (Цареубийство 11 марта 1801 года. Записки участнмков и современников. СПб., 1907.С. 88-89, 166).
    В сентябре 1806 года уволен по болезни (имеет удушье и ломату в бывшей сломанной ноге) для определения к статским делам.