Родился в семье, принадлежащей старинному новгородскому роду. Отец — Николай Львович Батюшков. (1753—1817), мать - Александра Григорьевна (урожденная Бердяева). Годы своего детства провёл в родовом имении — селе Данилевское. В 7 лет от роду он потерял мать, которая страдала душевной болезнью, по наследству перешедшей к Батюшкову и его старшей сестре Александре.
  В 1797 году его отдали в Петербургский пансион Жакино, где будущий поэт изучает европейские языки, с упоением читает европейских классиков и начинает писать свои первые стихи. В 1801 году он перешёл в пансион Триполи. На шестнадцатом году жизни Батюшков оставил пансион и занялся чтением русской и французской литературы. В это же время он близко сошёлся со своим двоюродным дядей, воспитателем цесаревичей Александра и Константина Павловичей и известным писателем Михаилом Никитичем Муравьевиым.
    В 1802 году Батюшков зачисляется на службу в министерство народного просвещения. Эта служба тяготит поэта, но обстоятельства не позволяют ему оставить службу. Старинный дворянский род Батюшковых обеднел, имение пришло в упадок. Высокопоставленных покровителей и меценатов, которые бывали у многих писателей, поэтов, художников, музыкантов, Батюшков не имел.
    В 1807 году Батюшков записался в народное ополчение и принял участие в прусском походе в качестве сотенного начальника в чине губернского секретарчяПетербургского милиционного батальона (письмоводителя в канцелярию генерала Н. А. Татищева, начальника милиционного войска Петербургской области (ей предстояло выставить девяносто тысяч ратников). Правителем канцелярии был А. Н. Оленин, также желавший послужить общему патриотическому делу. В битве под Гейльсбергом, маленьким немецким городком в двадцати милях к югу от Кенигсберга, он был ранен и должен был отправиться лечиться в Ригу. В официальных документах указывается «отменная храбрость» губернского секретаря Батюшкова. В воспоминаниях А. С. Стурдзы находим замечание, что поэта «вынесли полумертвого из груды убитых и раненых товарищей».
    Из письма К. Н. Батюшкова к Н. И. Гнедичу, июнь 1807 года. Рига: «Любезный друг! Я жив. Каким образом — богу известно. Ранен тяжело в ногу навылет пулею в верхнюю часть ляжки и в зад. Рана глубиною в 2 четверти, но не опасна, ибо кость, как говорят, не тронута, а как? — опять не знаю..." 
    27 сентября 1807 года вышел манифест Императора Александра I о роспуске милиции. Ополчение было распущено по домам, кроме его подвижной части, поступившей на укомплектование армии и зачтенной вместо рекрутов. Из нее вырос Лейб-гвардии Егерский полк — и Батюшков решил остаться в армии, переведясь в этот полк прапорщиком. Военная служба, однако, началась не вполне удачно: осенью 1807 года Батюшков тяжело заболел и хворал всю зиму. Посреди трудных дней болезни, смертей близких, судебных тяжб по разделу имений отца и матери, долгов есть и радостные.
 

Рескрипт

«Господин губернский секретарь Батюшков!

В воздаяние отличной храбрости, оказанной вами в сражении прошедшего мая 29-го при Гейльсберге и Лаунау противу французских войск, где вы, находясь впереди, поступали с особенным мужеством и неустрашимостью, жалую вас кавалером ордена святыя Анны третьего класса, коего знак у сего к вам доставляю; повелеваю возложить на себя и носить по установлению; уверен будучи, что сие послужит вам поощрением к вящему продолжению ревностной службы вашей.

Пребываю вам благосклонный

Александр.

Военный министр: Аракчеев.

С. Петербург, 20 мая 1808».